Η εξαγωγή εγκλείστων φρονιμιτών πραγματοποιείται με χειρουργική αφαίρεση και είναι μία απλή επέμβαση ρουτίνας. Πριν γίνει οποιαδήποτε ενέργεια για την εξαγωγή, πρέπει να έχει γίνει ακτινογραφικός έλεγχος της περιοχής του δοντιού που θα γίνει η εξαγωγή, για να ελέγξουμε τη θέση του, το μέγεθος καθώς και τη σχέση του με τα ανατομικά στοιχεία της περιοχής. Γι’ αυτό το λόγο συστήνεται να υπάρχει μία πανοραμική ακτινογραφία. Στη συνέχεια, αφού αναισθητοποιήσουμε την περιοχή με τοπική αναισθησία, γίνεται μια μικρή τομή πάνω από το δόντι και με ειδικούς μοχλούς, αφαιρείται. Ορισμένες φορές λόγω έλλειψης χώρου για την εξαγωγή, είναι αναγκαίος ο τεμαχισμός του δοντιού ή ακόμα και η αφαίρεση οστού. Στο τέλος, γίνεται συρραφή της τομής και δίνονται οδηγίες στον ασθενή. Η χειρουργική εξαγωγή ενός εγκλείστου φρονιμίτη διαρκεί 15-20 λεπτά και σε ορισμένες δύσκολες περιπτώσεις μπορεί να φτάσει τα 45-60 λεπτά.
Αν και η διαδικασία είναι εντελώς ανώδυνη, μετά το τέλος της αναισθησίας υπάρχει πόνος και οίδημα στην περιοχής για 2 με 3 ημέρες. Ωστόσο, τα συμπτώματα εξαφανίζονται πλήρως εντός μιας εβδομάδος. Ο πόνος κατά την διάρκεια των ημερών αυτών μπορεί να αντιμετωπιστεί επιτυχώς με παυσίπονα.